按照规制南京六部，南京六部各部设尚书一人南京六部，左右侍郎各一人，不过南京南京六部的吏部没有员外郎，有时候南京的六部也不设左侍郎只有右侍郎，但除此以外，南京六部的机构架设，与北京的六部基本无二，相差无几。
所以说明朝留都南京自中后期开始，说白了主要是起到了养老和安置被贬官员两个作用当时在留都南京最具有实权的分别是南京参赞机务兵部尚书南京守备太监提督南京军务勋臣这三方中兵部尚书代表了中央机构，太监代表了宦官。
从另一方面考虑南京六部制度不完善，导致后患无穷 虽然出于好意建立南京六部但它也完美继承了明朝的种种弊端，比如党派争斗崇祯皇帝选择继承人的时候，三个儿子不知去向，不得已从近亲中寻找继承人，按道理应是朱由菘作为。
南京六部最大的职责就是掌控江南地区，并征收江苏浙江江西湖广诸省的税粮，同时还负责漕运和全国的盐引勘合，可谓责任重大，这些都由南京户部管辖，可见南京户部权力之大一旦南京六部裁撤，将失去对整个江南地区的控制。
北京六部里面吏部尚书被称为“天官”可以掌握四品以下官员的升迁任免名单，但是南京六部里面南京兵部则是最强的，可以掌握南京地区所有的军队训练和守备军费，也就是说南京兵部尚书关键时刻可以调动军队支援北京不过南京的六部。
六部明代迁都北京后，另设南京六部尚书 正二品 明代六部除户兵二部各十三司外，其它四部均各四司左右侍郎 正三品 各司郎中 正五品 都察院 左右都御史 正二品 掌监察执法 即前代的“御史台”左右。
六部尚书自魏晋起至隋唐时期发展健全，封建王朝的中央政权机构都设“吏户兵刑工”六部官阶为正二品其分工为吏部又称天官，掌管全国文职官吏的任免考课升降调动封勋等事务户部掌管全国土地。
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